Боловсролын зээлийн сангийн сонгон шалгаруулалт 3 үе шаттайгаар зохион байгуулагддаг байна. Эхний шатанд Боловсрол шинжлэх ухааны яам, сайдын ажлын хэсэг хэн, хаана, хэр хэмжээний зардлаар суралцах зээл олголтыг шийддэг. Ингэхдээ хяналт тавих талуудын оролцоог тэгш хангадаггүй тул зээлийн сангийн зөрчлийн хамгийн том үндэс нь сонгон шалгаруулалт гэдгийг эх сурвалж мэдээлж байна.
Боловсролын зээлийн сангийн хөрөнгийг зарцуулах,түүнд хяналт тавих журамд зааснаар “Сангийн хөрөнгөөр санхүүжүүлэх арга хэмжээг сонгон шалгаруулах ажлын хэсгийг боловсролын асуудал эрхэлсэн засгийн газрын гишүүний тушаалаар байгуулна” гэжээ.
Мөн журмын 6.1-д
Боловсролын асуудал эрхэлсэн Засгийн газрын гишүүний санхүүгийн дэмжлэг үзүүлэх шийдвэрт үндэслэн боловсролын болон санхүүгийн асуудал эрхэлсэн Засгийн газрын гишүүний баталсан үлгэрчилсэн загварын дагуу сангийн ажлын албаны дарга хөтөлбөрийн шалгуур хангасан суралцагчтай зээл, тэтгэлгийн гэрээг байгуулна гэжээ
Өөрөөр хэлбэл хэн, хэзээ, хэрхэн зээлд хамрагдах эсэхийг сонгон шалгаруулдаг ажлын хэсгийг Боловсролын сайдын тушаалаар байгуулна. Ажлын хэсгийн сонгосон зээлд хамрагдах сурагчдын нэрсийг сайдын тушаалаар баталгаажуулж, Боловсролын зээлийн санд хүргүүлдэг байна.
Боловсролын зээлийн сангийн эргэн төлөлтийн асуудлыг хэд хэдэн журам, зээлийн гэрээгээр зохицуулдаг байна. Тэгвэл суралцагчидтай хийсэн гэрээний 3.7-д “төгсөж ирээд “дээд боловсролын санхүүжилт, суралцагчдын нийгмийн баталгааны тухай хуулийн 8.8-д заасан журмын дагуу зээлийг эргэн төлж барагдуулна” гэжээ. Харин уг гэрээнд заагдсан 8.8 гэсэн заалтад “суралцагчийн сургалтын төлбөр, амьжиргааны зардалд зориулан олгох хөнгөлөлттэй, эргэн төлөгдөх нөхцөлтэй зээлийн улсын төсвийн оролцоотой эх үүсвэрийг бүрдүүлэх, эргэн төлүүлэх, сургалтын зээлийг хөнгөлөх, чөлөөлөх, хүчингүй болгох журмыг улсын их хурал тогтооно” гэсэн байна. Гэсэн ч 2008 оноос хойших хугацаанд зөвхөн тухайн үеийн Боловсролын сайдын тушаал болон цөөнгүй тохиолдолд Засгийн газрын тогтоолоор 870 суралцагчийн зээлийг тэглэжээ.
Уг зээлийн сан нь үндсэндээ сурах хүсэл эрмэлзэлтэй ч санхүүгийн асуудлын улмаас их дээд сургуульд элсэж чадахгүй байгаа суралцагчдад санхүүгийн дэмжлэг олгох зорилготой. Цаашлаад улс эх орны ирээдүйн чадварлаг боловсон хүчнийг төрийн дэмжлэгтэйгээр сургах үйл ажиллагааг явуулах чиг үүрэгтэй байна.
Авлигатай тэмцэх газар, Эрүүгийн цагдаагийн албанаас Боловсролын зээлийн сангийн зөрчил, гэмт хэргийг тодорхойлохоор ажиллаж байгаа юм. Тиймээс уг асуудлаар холбогдох яам, төрийн захиргааны байгууллагаас тодруулах гэсэн боловч мөрдөн шалгах ажиллагаа дуустал мэдээлэл өгөх боломжгүй гэсэн юм.
